关原之战后35年，日本在变迁的时代中逐渐恢复和平。然而，某天突现可怕的怪物——“群凶”，它们袭击人类，以血肉为食。幕府秘密派遣讨伐队剿灭群凶，并将相关地域焚毁掩盖真相。　　远离纷乱的多胡宿，曾是忍者的凛（木村文乃 饰）隐姓埋名，作为医生源三郎（高桥克实 饰）的助手，与无血缘关系的养女时（田牧空 饰）平静生活。某日，为了获取治愈时病症的药，凛远行至某村，却发现那里血迹斑斑、尸骨遍地，恐怖异形的群凶袭来。这一刻，她的悲痛往事浮现脑海。为了保护如亲生女儿般珍贵的时，凛踏上了一场生死未卜的旅程。与此同时，一个仍保有人类意识，却变成“半群凶”的男子士郎（田中树 饰）被世人厌恶幽禁。他苦于不知自身来历，为了解开身世之谜，踏上了寻找某人的旅程……自从那一日一念之仁，救下遇难之人，很偶然地得到了一部浑天剑诀，顾独行一直都在钻研这部剑诀；终于有一天，突如其来，全无征兆地完全引发出了浑天剑诀的强横威力。